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Commentaire: juste au cas où...
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| [http://foad.refer.org/rubrique96.html] | [[http://foad.refer.org/rubrique96.html]] |
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| = Installation de R puis de la bibliothèque ''mice'' (Dapper ou Edgy) = | Ticket Foad : TicketFoad:305 : . ''Effectivement l'essentiel est que les étudiants puissent développer en PHP/MySQL.'' |
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| 1. installer R : {{{ $ sudo aptitude install r-recommended }}} 1. télécharger la dernière version depuis http://cran.cict.fr/src/contrib/Descriptions/mice.html (prendre le .tar.gz ''Package source'') : {{{ $ cd /tmp $ wget http://cran.cict.fr/src/contrib/mice_1.14.tar.gz }}} 1. installer le package : {{{ $ sudo R CMD INSTALL -l /usr/local/lib/R/site-library/mice_1.14.tar.gz * Installing *source* package 'mice' ... ** R ** data ** inst ** preparing package for lazy loading Loading required package: MASS Loading required package: nnet Loading required package: nlme ** help >>> Building/Updating help pages for package 'mice' Formats: text html latex example complete text html latex example glm.mids text html latex example (...) nhanes2 text html latex pool text html latex example ** building package indices ... * DONE (mice) }}} 1. tester : lancer R et charger le module {{{ $ R |
Donc un serveur apache2/php5/mysql5 où les étudiants peuvent au moins: * administrer eux-même leurs bases mysql et les accés * redemarrer apache à la demande * mettre les fichiers où il veulent sous la racine |
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| R : Copyright 2006, The R Foundation for Statistical Computing Version 2.3.1 (2006-06-01) ISBN 3-900051-07-0 |
* qui s'y colle pour faire une image virtualbox/vz standard CNF "je débute en php" ? |
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| > library(mice) Loading required package: MASS Loading required package: nnet Loading required package: nlme MICE V1.14 library Copyright (2004) TNO Prevention and Health, Leiden This library is distributed under the GNU General Public License (version 2) Loading required package: Hmisc Warning message: there is no package called 'Hmisc' in: library(package, lib.loc = lib.loc, character.only = TRUE, logical = TRUE, > q() Save workspace image? [y/n/c]: n }}} 1. il semble manquer le module hmisc, qui est lui déjà packagé : {{{ $ sudo aptitude install r-cran-hmisc }}} 1. on relance R et on charge le module ''mice'' : {{{$ R |
= Installation de R et des bibliothèques = |
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| R : Copyright 2006, The R Foundation for Statistical Computing Version 2.3.1 (2006-06-01) ISBN 3-900051-07-0 |
Cf [[SergheiMihai/PackageRMarseille]] |
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| > library(mice) Le chargement a nécessité le package : MASS Le chargement a nécessité le package : nnet Le chargement a nécessité le package : nlme MICE V1.14 library Copyright (2004) TNO Prevention and Health, Leiden This library is distributed under the GNU General Public License (version 2) Le chargement a nécessité le package : Hmisc Hmisc library by Frank E Harrell Jr |
= Epi Info 6 = |
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| Type library(help='Hmisc'), ?Overview, or ?Hmisc.Overview') to see overall documentation. |
* Installer wine version gutsy du site winehq * Installer EpiInfo6 avec wine * Lancer avec dosemu. Voir dosbox, et mettre des raccourcis. |
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| NOTE:Hmisc no longer redefines [.factor to drop unused levels when subsetting. To get the old behavior of Hmisc type dropUnusedLevels(). |
= Epi Info 3.4.3 = |
| Ligne 88: | Ligne 31: |
| Attachement du package : 'Hmisc' The following object(s) are masked from package:mice : oldUnclass .R. .SV4. The following object(s) are masked from package:stats : ecdf Attachement du package : 'mice' The following object(s) are masked _by_ package:Hmisc : oldUnclass .R. .SV4. > }}} . MS : (Ce texte est en rose... si si, si j'vous le dis :)) Donc chez moi, cette commande: {{{ $sudo R CMD INSTALL -l /usr/local/lib/R/site-library/mice_1.14.tar.gz }}} Me sort que le paquet n'existe pas. "-l" étant pour la localisation et ensuite il faut le .gz. Par contre, en déplacant le fichier mice_1.14.tar.gz dans le répertoire "site-library" en question et en virant "-l", ca passe mieux. J'imagine que par défaut le répertoire d'installation est /usr/local/lib/R/site-library, ou que l'installation se fait dans le répertoire ou se trouve l'archive. Bha au final, ca fonctionne quoi. {{{ $sudo mv /tmp/mice_1.14.tar.gz /usr/local/lib/R/site-library/ $sudo R CMD INSTALL /usr/local/lib/R/site-library/mice_1.14.tar.gz }}} |
* Hum, on peut rêver là... |
Master pro (M2) Expertise et ingénierie des systèmes d’information en santé
http://foad.refer.org/rubrique96.html
Ticket Foad : 161 :
Nous avons à utiliser le logiciel de calcul scientifique R (qui est dans la distribution Ubuntu). Pour un enseignement qui aura lieu le 22 novembre nous allons avoir à utiliser le package "mice" de ce logiciel (téléchargeable à l'adresse suivante : http://cran.r-project.org/src/contrib/Descriptions/mice.html). Je ne sais pas si celui-ci est directement intégré dans la distribution Ubuntu, mais je pense que non.
Ticket Foad : 305 :
Effectivement l'essentiel est que les étudiants puissent développer en PHP/MySQL. Donc un serveur apache2/php5/mysql5 où les étudiants peuvent au moins:
- administrer eux-même leurs bases mysql et les accés
- redemarrer apache à la demande
- mettre les fichiers où il veulent sous la racine
- qui s'y colle pour faire une image virtualbox/vz standard CNF "je débute en php" ?
Installation de R et des bibliothèques
Epi Info 6
- Installer wine version gutsy du site winehq
Installer EpiInfo6 avec wine
- Lancer avec dosemu. Voir dosbox, et mettre des raccourcis.
Epi Info 3.4.3
- Hum, on peut rêver là...