Master pro (M2) Expertise et ingénierie des systèmes d’information en santé

[http://foad.refer.org/rubrique96.html]

Ticket Foad : 161 :

• Nous avons à utiliser le logiciel de calcul scientifique R (qui est dans la distribution Ubuntu). Pour un enseignement qui aura lieu le 22 novembre nous allons avoir à utiliser le package "mice" de ce logiciel (téléchargeable à l'adresse suivante : http://cran.r-project.org/src/contrib/Descriptions/mice.html). Je ne sais pas si celui-ci est directement intégré dans la distribution Ubuntu, mais je pense que non.

Installation de R puis de la bibliothèque ''mice'' (Dapper ou Edgy)

1. installer R :

   $ sudo aptitude install r-recommended

2. télécharger la dernière version depuis http://cran.cict.fr/src/contrib/Descriptions/mice.html (prendre le .tar.gz Package source) :

   $ cd /tmp
   $ wget http://cran.cict.fr/src/contrib/mice_1.14.tar.gz

3. installer le package :

   $ cd /tmp
   $ sudo R CMD INSTALL -l /usr/local/lib/R/site-library/ mice_1.14.tar.gz
   * Installing *source* package 'mice' ...
   ** R
   ** data
   ** inst
   ** preparing package for lazy loading
   Loading required package: MASS
   Loading required package: nnet
   Loading required package: nlme
   ** help
    >>> Building/Updating help pages for package 'mice'
        Formats: text html latex example 
     complete                          text    html    latex   example
     glm.mids                          text    html    latex   example
   (...)
     nhanes2                           text    html    latex
     pool                              text    html    latex   example
   ** building package indices ...
   * DONE (mice)

4. tester : lancer R et charger le module

   $ R
   
   R : Copyright 2006, The R Foundation for Statistical Computing
   Version 2.3.1 (2006-06-01)
   ISBN 3-900051-07-0
   
   > library(mice)
   Loading required package: MASS
   Loading required package: nnet
   Loading required package: nlme
   MICE V1.14 library            Copyright (2004) TNO Prevention and Health, Leiden
   This library is distributed under the GNU General Public License (version 2)
   Loading required package: Hmisc
   Warning message:
   there is no package called 'Hmisc' in: library(package, lib.loc = lib.loc, character.only = TRUE, logical = TRUE,  
   > q()
   Save workspace image? [y/n/c]: n 

5. il semble manquer le module hmisc, qui est lui déjà packagé :

   $ sudo aptitude install r-cran-hmisc

6. on relance R et on charge le module mice : {{{$ R

R : Copyright 2006, The R Foundation for Statistical Computing Version 2.3.1 (2006-06-01) ISBN 3-900051-07-0

> library(mice) Le chargement a nécessité le package : MASS Le chargement a nécessité le package : nnet Le chargement a nécessité le package : nlme MICE V1.14 library Copyright (2004) TNO Prevention and Health, Leiden This library is distributed under the GNU General Public License (version 2) Le chargement a nécessité le package : Hmisc Hmisc library by Frank E Harrell Jr

Type library(help='Hmisc'), ?Overview, or ?Hmisc.Overview') to see overall documentation.

NOTE:Hmisc no longer redefines [.factor to drop unused levels when subsetting. To get the old behavior of Hmisc type dropUnusedLevels().

Attachement du package : 'Hmisc'

• The following object(s) are masked from package:mice :
  • oldUnclass .R. .SV4.
  The following object(s) are masked from package:stats :
  • ecdf

Attachement du package : 'mice'

• The following object(s) are masked _by_ package:Hmisc :
  • oldUnclass .R. .SV4.

> }}}

• MS : (Ce texte est en rose... si si, si j'vous le dis Donc chez moi, cette commande:

$sudo R CMD INSTALL -l /usr/local/lib/R/site-library/mice_1.14.tar.gz

Me sort que le paquet n'existe pas. "-l" étant pour la localisation et ensuite il faut le .gz. Par contre, en déplacant le fichier mice_1.14.tar.gz dans le répertoire "site-library" en question et en virant "-l", ca passe mieux. J'imagine que par défaut le répertoire d'installation est /usr/local/lib/R/site-library, ou que l'installation se fait dans le répertoire ou se trouve l'archive. Bha au final, ca fonctionne quoi.

$sudo mv /tmp/mice_1.14.tar.gz /usr/local/lib/R/site-library/
$sudo R CMD INSTALL /usr/local/lib/R/site-library/mice_1.14.tar.gz